Rechnen (Computing)

Für wissenschaftliche Berechnungen stellt das LRZ Computing Services zur Verfügung. Dazu ist ein Antrag notwendig und es gibt zum Teil Wartezeiten. Deswegen nutzen wir auch einen Linux-Server am IPS zum Rechnen.

Anmelden am Linux Terminal des Computing-Servers des IPS

Per ssh am Rechner 'ssh' (linux7) anmelden.

Der Rechner 'ssh' (linux7) hat einen Prozessor mit 20 Kernen. Jeder Kern stellt zwei virtuelle Kerne bereit (Hyperthreading).

Es stehen 384 GB Arbeistspeicher (RAM) zur Verfügung.

Bitte "nicen" Sie Ihre Rechenprozesse mit einem vorangestellten 'nice' Kommando mit der Option "-n 19", z.B.

nice -n 19 {meinKommando}

Das sorgt dafür, dass alle anderen (System-)Prozesse genug Priorität bekommen. Die Rechenleistung wird dadurch in der Regel nicht beeinträchtigt.

Bitte den Resourcenverbrauch (CPU und Mem) der gestarteten Prozesse überwachen. Das Kommando

htop

zeigt die Auslastung des Rechners an. Die oberen Querbalken in der Anzeige von htop zeigen die Auslastung der 40 logischen Prozessoren an.

Die Balken "Mem" zeigt die Auslastung des Arbeitsspeichers an. Relevant ist hier nur der grüne (und blaue) Anteil. Der Anteil darf nicht den gesamten Balken ausfüllen.

Der gelbe Anteil wird vom Linux-Kernel zum Cachen von Dateien verwendet und passt sich dynamisch an. Der gelbe Anteil spielt für die Auslastung des Arbeitsspeichers daher keine Rolle.

Den Arbeitsspeicherbedarf ihres Prozesses sehen sie in der Spalte "RES".

Bitte mit den Resourcen verantwortungsvoll umgehen.

Mit dem Kommando

exit

verlässt man das SSH-Terminal.

Prozesse im Hintergrund

Um Prozesse im Hintergrund laufen zu lassen ohne durchgehend am SSH Server angemeldet zu bleiben, kann man z.B. den Terminal Multiplexer tmux verwenden:

Mit

tmux

wird ein neues tmux Terminal gestartet. In diesem Terminal kann der Rechenprozess gestartet werden.

Um sich von diesem Terminal abzukoppeln zunächst Strg (bzw.Ctrl) und 'B' drücken. Diese Tasten loslassen und dann die Taste 'D' (für "Detach") drücken. Man kommt jetzt zurück in sein vorheriges (SSH)-Terminal. Das tmux Terminal läuft aber weiterhin. Der Befehl

tmux ls

zeigt alle tmux Terminal-Sitzungen an. Auch wenn man sich vom SSH-Terminal abmeldet bleibt das tmux Terminal aktiv.

Um wieder in das tmux Terminal zu gelangen gibt man

tmux attach

ein.

Das tmux Terminal kann wie ein "normales" Terminal mit

exit

beendet werden.

Weitere Information über tmux:

man tmux

Matlab Lizenzen

Beim Starten von Matlab bitte darauf achten, dass wir nur eine begrenzte Anzahl von Netzwerklizenzen haben. Im Zweifelsfall mit der Systemadministration besprechen.